De precieze oorzaak van de fout is volgens het hoofdstembureau in Den Bosch niet meer te achterhalen. Er wordt gesuggereerd dat er een storing was in het hulpprogramma Ondersteunende Software Verkiezingen (OSV), mogelijk in combinatie met een 'menselijke fout' bij de invoer.

Het hoofdstembureau heeft ook geconstateerd dat de handmatige controletelling niet is uitgevoerd. Bovendien is de regel dat er altijd twee mensen moeten meekijken niet goed toegepast. Minister Plasterk had die controlemechanismen wel uitdrukkelijk voorgeschreven.

Het gebruik van OSV werd in aanloop naar de verkiezingen aanvankelijk door Plasterk verboden uit vrees voor manipulatie door hackers. Uiteindelijk mocht het toch worden gebruikt voor het optellen van de uitslagen, mits de computer met het programma niet verbonden was met internet.

Het CDA wil een debat in de Tweede Kamer over de kwestie. ,,Een fout als deze mag niet voorkomen'', aldus Kamerlid Hanke Bruins Slot. ,,Een correcte en nauwkeurige uitvoering van het verkiezingsproces is essentieel voor het vertrouwen van de kiezer in het verkiezingsproces.''